Les Dursley mènent une vie paisible au 4, Privet Drive, quand un jour un mystérieux personnage, un certain Albus Dumbledore dépose Harry, alors âgé d'un an, devant leur porte. Il s'agit du fils des Potter et sa mère est la soeur de Pétunia Dursley, mais elles se détestaient toutes les deux et Pétunia refuse d'entendre parler d'elle, même par son mari. Les parents de Harry sont morts un peu plus tôt dans la soirée, assassinés par un personnage effrayant dont on ne doit pas prononcer le nom, mais Harry a survécu à l'attaque. Il est donc appelé par tout le monde de la sorcellerie Harry Potter, le Survivant.
Dix ans plus tard, chez les Dursley, Harry est maltraité par son oncle et sa tante. Lors de l'anniversaire de Dudley, son cousin, Harry va avec celui-ci, sa tante et son oncle au zoo. Là, il fait la rencontre extraordinaire d'un serpent et se surprend à parler avec lui ; mais il n'est pas le seul à s'en rendre compte ; l'ami de Dudley, Pierce Perks, qui vient aussi au zoo, en parle à Dudley. Mais comme celui-ci est jaloux, il donne à Harry des coups de poings et la vitre qui retenait le serpent disparaît, le serpent s'enfuit et Dudley se retrouve enfermé à sa place...
Un matin, en allant prendre le courrier, Harry découvre une lettre qui lui est destinée. Mais son oncle la lui confisque et semble très inquiet. Le lendemain, la lettre arrive à nouveau mais en dix exemplaires, et il en arrive de plus en plus chaque jour. Pour échapper à ces lettres et de peur que Harry ne réussisse à en attraper une, la famille, sur la décision de l'oncle Vernon, part se réfugier dans une petite cabane, sur une petite île.
Cette nuit c'est l'anniversaire de Harry, tout le monde dort, sauf lui. Tout d'un coup, un géant du nom de Rubeus Hagrid qui se présente comme le gardien des clés et garde-chasse à Poudlard vient perturber le calme de la cabane et réveille toute la famille Dursley. Il raconte à Harry que ses parents ont été tués par un puissant et très méchant sorcier du nom de Voldemort et pas tués dans un accident de voiture. Puis il lui remet une lettre sur laquelle il était écrit qu'il devait aller à l'école des sorciers de Poudlard à laquelle il était inscrit depuis sa naissance.
Hagrid, le géant, emmène Harry acheter ses fournitures scolaires sur le Chemin de Traverse à Londres, un chemin caché auquel on accède par magie. À la banque des sorciers de Gringotts, Harry apprend que ses parents lui ont laissé beaucoup d'argent avant de mourir. Tandis qu'il prend l'argent, Hagrid récupère dans une chambre forte un objet entouré de papier mais sérieusement gardé. Harry achète son matériel, dont une baguette magique , il apprend qu'elle est faite avec une plume du même phénix que la baguette de Voldemort.
Le premier septembre, dans le train qui le conduit à Poudlard, Harry fait la connaissance de Ron, Hermione et Neville qui entrent comme lui en première année à l'école de sorcellerie. Mais il ne se fait pas que des amis : il doit aussi affronter les moqueries de Drago Malefoy et de ses deux acolytes Goyle et Crabbe. Il apprend aussi qu'à Poudlard il y a quatre maisons et que les élèves y entrent selon leur personnalité.
Les élèves arrivent à Poudlard. Pour savoir dans quelle maison ils vont faire leurs études, ils doivent chacun leur tour coiffer le "choixpeau magique" : quand on l'a sur la tête, il annonce la maison dans laquelle on doit aller. Harry est envoyé à Gryffondor pour rejoindre "les courageux, les plus hardis et les plus forts", avec Ron et Hermione. Il est content d'avoir résisté au choixpeau qui voulait l'envoyer à Serpentard.
Lors de cette première semaine de cours, Harry découvre ses professeurs et surtout la haine que semble lui vouer Severus Rogue, le professeur de potions. Le vendredi, Hagrid l'invite à prendre le thé dans sa cabane, au bord de la forêt interdite. Là, Harry voit un journal annonçant que la banque des sorciers avait été cambriolée le jour même où lui et Hagrid y étaient allés. Il comprend que le cambriolage visait précisément la chambre forte où Hagrid avait récupéré l'objet mystérieux.
Au premier cours de vol sur balai, Neville, un ami de Harry, reçoit un rapeltout envoyé par sa grand-mère. Drago Malefoy s'en empare, ce qui fait éclater entre Malefoy et Harry une bagarre pour récupérer le rapeltout dans les airs, Harry se montra très doué en vol sur balai. Harry réussit à récupérer l'objet de Neville mais se fait attraper par le professeur McGonagall qui l'emmène dans le château et lui fait une proposition : être attrapeur pour le match de Quidditch. Malefoy qui espérait que Harry s'est fait renvoyer de Poudlard le provoque en duel a minuit, mais ne vient pas. Ceci avait donc pour but de l' attirer dans un piège. Harry se trouve donc poursuivi par Rusard se cache dans le couloir interdit. Harry découvre alors où se trouve le petit paquet enveloppé de papier kraft que Hagrid était allé cherché dans la chambre forte n° 713 de la banque Gringotts : il est dans le couloir interdit, protégé par Touffu, le terrible chien à trois têtes.
Le jour d'Halloween, Hermione qui entend une remarque de Ron qui ne lui plaît pas va se réfugier dans les toilettes, ne sachant pas qu'un Troll est dans l'école. Ron et Harry décident d'aller la chercher. En jetant un sort, Ron réussit à assommer le Troll avec sa propre massue et à sauver Hermione.
C'est le premier match de Quidditch, après un long entraînement. Pendant le match, le balai de Harry est soudain détourné par un maléfice inconnu : il emporte Harry de plus en plus haut et cherche à le faire tomber. Dans les tribunes, Hermione aperçoit le professeur Rogue formuler des incantations en regardant fixement Harry. Elle court vers lui pour le déstabiliser, renverse au passage le professeur de lutte contre les forces du mal, un certain Quirrell, envoie une étincelle sur la robe de Rogue qui prend feu. Le feu s'éteint vite, Harry reprend le contrôle de son balai et Gryffondor gagne le match. Comme Harry, Ron et Hermione vont ensuite boire un thé chez Hagrid, ils apprennent que l'objet que celui-ci était allé chercher à la banque des sorciers "est une affaire entre Dumbledore et Nicolas Flamel".
Harry, Ron et Hermione recherchent dans la bibliothèque des informations sur Nicolas Flamel. Harry reçoit une cape d'invisibilité pour Noël. Pour échapper à Rogue et à Rusard, Harry rentre dans une pièce dont la porte est entrouverte. Il y découvre un miroir étrange, sur lequel il est écrit : Riséd elrue ocnot edsi amega siv notsap ert nomen ej. Il fait un pas en avant et voit son reflet avec un groupe de gens derrière lui (sa famille). Ron n'était pas dans la salle avec lui. Harry revient plusieurs fois car il veut en savoir plus sur lui-même. Ron est de mauvaise humeur et Harry lui promet de lui montrer le miroir qu'il a vu. Ron voit son reflet avec l'équipe de Poudlard (Ron est capitaine). Ils reviennent plusieurs fois jusqu'à ce qu'on enlève le miroir. Car Dumbledore, qui les a surpris, a expliqué à Harry que ce miroir ne montre que notre désir le plus profond et le plus cher. Dumbledore prend la décision de l'enlever car il trouve cela dangereux.
Grâce à Hermione, les trois amis retrouvent qui est Nicolas Flamel : "c'est le seul alchimiste qui ait réussi à fabriquer la pierre philosophale", qui a la propriété de transformer n'importe quel métal en or pur et qui produit l'élixir de longue vie qui rend immortel. Ils comprennent maintenant que l'objet si précieux caché dans le couloir interdit est la pierre philosophale. Après la victoire du match de quidditch contre la maison de Serpentard, Harry surprend une conversation entre les professeurs Rogue et Quirrell, qui lui laisse comprendre que Rogue cherche l'aide de Quirrell pour aller voler la pierre.
Harry apprend que Hagrid élève un dragon dans sa cabane bien qu'il sache qu'il est interdit d'avoir ou d'élever un dragon à Poudlard. Mais le dragon grandit et la catastrophe est imminente. Harry réussit, avec Ron et Hermione, à convaincre Hagrid d'envoyer le dragon en Roumanie, où le frère de Ron a un élevage. Après tout ça, Hagrid explique à Harry, Ron et Hermionne que la pierre Philosophale est gardée au passage interdit par Touffu et par les sortilèges des professeurs. Un soir à minuit, alors que Ron est à l'infirmerie, Harry et Hermione emmènent Norbert le dragon au sommet de l'une des tours de l'école pour que les amis du frère de Ron, qui arrivent sur leurs balais, l'emportent.
Harry, Malefoy, Hermione et Ron Weasley reçoivent une punition, car ils étaient dehors après le couvre-feu. Peu avant les examens, Harry soupçonne Quirrell d'avoir été à nouveau menacé par Rogue et de lui avoir cédé. Le lendemain de cette découverte, Harry, Ron, Hermione et Malefoy apprennent en quoi doit consister leur retenue : ils doivent aller dans la forêt interdite avec Hagrid pour retrouver une licorne blessée. Quand Harry et Malefoy retrouvent la licorne, elle est morte mais à côté d'elle, ils trouvent une créature avec une capuche qui est en train de boire le sang de la licorne. Cette créature est Lord Voldemort le seul qui ne peut survivre qu'avec le sang d'une licorne. Harry éprouve alors une douleur insupportable à sa cicatrice. Un centaure vient à son secours.
Harry comprend que Rogue essaie de trouver la pierre philosophale pour redonner la vie à Voldemort. Rogue ayant réussi à convaincre Quirrell, il va probablement essayer d'aller chercher la pierre le soir même. Harry apprend justement que Dumbledore a été éloigné par ruse de Poudlard ; il décide donc d'aller prendre la pierre lui-même. Avec Ron et Hermione, ils parviennent à franchir tous les obstacles, mais c'est seul qu'Harry parvient à la dernière pièce, où se trouve la pierre.
Après avoir franchi toutes les épreuves, Harry se retrouve nez à nez avec Quirrell. Celui-ci lui raconte toute la vérité : c'est lui qui avait fait entrer le troll dans l'école et tenté de tuer Harry lors du match de Quidditch. Harry est terrifié lorsque Quirrell déroule le fameux et mystérieux turban violet qu'il porte toujours. Harry découvre que le couvre-chef abritait Voldemort, qui parasitait le corps du professeur pour se rapprocher de la pierre philosophale cachée dans l'école. A travers Quirrell, Voldemort demande à Harry de lui donner la pierre, et ce dernier la sent apparaître dans sa poche à ce moment-là : il a pu la trouver car il ne souhaitait pas s'en servir pour devenir immortel. Dumbledore, qui a été averti par Ron et Hermione, aide Harry à s'en sortir. A la fin de l'année, grâce aux exploits d'Harry, les Gryffondor gagnent la coupe des quatre maisons.
